La recolección de muestras es realizada por las empresas de servicios públicos participantes. Este programa depende de nuestros socios de servicios públicos para la recolección, el manejo y el almacenamiento adecuados de la muestra hasta que la muestra se recoja para su transporte al laboratorio, DCLS.
Hay dos tipos principales de muestras que se recolectan: muestras de agarre y muestras compuestas.
- Las muestras de agarre son una sola muestra recolectada en un momento dado. Este tipo de muestra es representativa de las aguas residuales que fluyen hacia la planta de tratamiento en el momento en que se recoge la muestra.
- Las muestras compuestas son muestras individuales recolectadas durante un período de tiempo de 24horas y luego combinadas para formar una sola muestra. Las muestras se pueden recoger en función de un tiempo determinado (por ejemplo, cada 10 minutos) o en función de la cantidad de caudal que entra en la planta de tratamiento de aguas residuales. Este tipo de muestra es representativa de todo el día de flujo en la planta de tratamiento de aguas residuales.
La utilidad proporciona información adicional (metadatos) que acompaña a la muestra, como la hora de recolección de la muestra, el flujo para el día de la recolección y el punto de muestreo. Todas las muestras se recogen en la entrada de la planta de tratamiento antes de que se produzca cualquier procesamiento significativo.
Las muestras se envían a DCLS para su concentración, extracción y análisis de reacción en cadena de la polimerasa digital (ddPCR) en gotas. Antes de la semana de noviembre de 15de 2021, las muestras extraídas se enviaron al laboratorio acreditado por NELAP en el Distrito de Saneamiento de Hampton Roads (HRSD) para su análisis del SARS-COV2 a través de ddPCR. El objetivo genético presentado en este informe es el ddCoV_N, una versión modificada del gen N2 para el análisis de aguas residuales por ddPCR[1]. Los resultados de cuantificación para los que se observó amplificación en los controles sin plantilla (NTC) se eliminan del análisis. El límite de detección para la versión actual del protocolo de laboratorio (v2.0) es de 6,200 copias/L de aguas residuales. A todas las concentraciones por debajo del límite de detección se les asigna un valor igual a la mitad del límite de detección.
| Versión del protocolo de laboratorio | Límite de detección (LOD) | Responsabilidades del laboratorio |
| v2.0 | 6,200 | Concentración, extracción y análisis ddPCR: DCLS |
| v1.0 | 1,350 | Concentración y extracción: DCLS
Análisis de reacción en cadena de la polimerasa digital (ddPCR) en gotas: HRSD |
La carga viral se calcula sobre la base de la ecuación 1:
(1) Carga viral (copias/día) = Concentración viral. (copias/L)∗Caudal (MGD)∗(3785411.8 L/d)/(1 MGD)
Los percentiles se calculan en cada sitio por carga viral y luego se agrupan en quintiles (es decir, 0-19.9th, 20-39.9th, 40-59.9th, 60-79.9th, 80-100th). Los percentiles específicos del sitio proporcionan una métrica para comparar los datos de la semana actual con los datos históricos del sitio, lo que permite la visualización en color de cuándo cada sitio experimentó sus cargas más altas frente a las más bajas.
Referencias
[1] González, R., Larson, A., Thompson, H., Carter, E., & Cassi, X. F. (2021). RediseñoCOV2 de ensayos clínicos de RT-qPCR para RT-ddPCR de aguas residuales. https://doi.org/10.1101/2021.03.02.21252754